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白肉还是黑肉提供大数据解读感恩节晚餐

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对于弗吉尼亚理工大学的生物化学专业学生Cat Hayes,Duke Nguyen和Will Stone来说,火鸡已经具有了全新的含义。

这三位学生以及他们的普通生物化学同学受到农业和生命科学学院生物化学系副教授理查德赫尔姆的挑战,考虑感恩节背后的科学。

教授通过分析大数据集并在实验室中花费时间使用最先进的仪器,让他的学生有机会深入研究实验。以HokieBird为灵感,学生们对火鸡进行蛋白质分析,观察腿部,大腿和胸肉。他们被要求通过分析赋予火鸡颜色的蛋白质来研究白肉和黑肉之间的差异。

你可以在数据集中投入大量时间, 赫尔姆说。 你可以得到更多问题而不是答案。但这是许多学生没有挑战的事情。我希望他们检查真实实验中的真实数据,他们在分析中首次拍摄。

学生们研究了最重要的蛋白质,探索了高质量的蛋白质鉴定。他们还学会了如何精确定位火鸡样品中的污染物,看看组织的清洁程度。为了理解乳房,大腿和腿部组织蛋白质之间的数字差异,学生们分析了数千个领域的电子表格 - 这是一项艰巨的任务。然后他们开发了自己的公式,颜色编码,过滤器和其他方法,以便他们看到差异并评估统计显着性。

我既害怕又兴奋, 来自弗吉尼亚州斯普林菲尔德的大三学生斯通说。 在我的电脑上盯着数据至少一个小时之后,我只是跳入水中去弄清楚如何对它进行整理。

Nguyen还使用白板绘制信息,以及维恩图。

火鸡测试人员也能够通过与液相色谱装置相连的质谱仪获得一些高科技帮助。这种新获得的仪器能够进行高度复杂的分析,向年轻研究人员展示各种火鸡蛋白的相对丰富程度。虽然Helm实验室成员操作机器,但学生们能够学习如何读取仪器提供的数据。该机器还帮助他们验证了他们的结果。

研究人员发现,参与糖酵解的酶,即将葡萄糖转化为能量的代谢途径,在火鸡的大腿和腿部相似,在乳房中也不同。乳房中糖酵解蛋白的浓度较高,因为这种肌肉用于鸟类的飞行,这一过程严重依赖于糖酵解。

大腿和腿肉含有相对较少的糖酵解蛋白和更多与线粒体相关的蛋白质,因为这些组织接受更高水平的氧气,并且当火鸡站立或移动时这些肌肉更频繁地使用。

虽然他们的重点是蛋白质,但学生们还分析了三种火鸡组织中的脂质,发现大腿肉脂质的氧化速度比乳房或腿肉更快。根据赫尔姆的说法,这可以推动进一步的火鸡研究,比较冷冻与新鲜,野生与国内,有机与传统,等等。

这很有趣, Hayes说,他是伊利诺伊州Plainfield的一名大三学生。所有三名学生都了解到他们可以征服恐吓数据集,并将他们的生化知识应用于实际数据。他们也渴望看到其他研究可能会受到他们工作的启发。

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